در زمان حکومت فتحعلی شاه قسمت های مختلف مدرسه بازسازی شد و توسعه یافت. در این زمان ابتدا سدی بر رودخانه مجاور مدرسه احداث گردید و قسمتی از اراضی بدست آمده از این طریق به مدرسه و بقیه به سه عمارت شاهی تخصیص داده شد. در این توسعه صحن تا ورودی صحن عتیق آستانه حضرت معصومه(س) گسترش یافت و سردر ورودی آن به صورت ایوان جنوبی مدرسه درآمد. این سردر توسط سید تاج الدین الشرف موسوی در سال 939 بنا شده بود.
مدرسه یکبار در سال 1255 توسط حاجی علی محمد، عموی میرزا علی اکبر فیض مولف"تاریخ قم" مرمت شد. بنا به نقل این مولف طی مرمت فوق، حجرات و صحن مدرسه تعمیر و اطراف حوض آن سنگ فرش شد. بنای مدرسه تا سال 1341 یک طبقه بود و تنها در طرفین هر یک از سه ایوان شرقی، غربی و شمالی چهار حجره در طبقه دوم وجود داشت. پس از آن توسط آیت الله حاج میرزا محمد فیض در طبقه دوم جبهه های شمالی و شرقی مدرسه حجره سازی شد و در سال 1301 شمسی، آیت الله حاج شیخ عبدالکریم حائری حجره های دیگر قسمت ها را کامل کرد. در پشت ایوان غربی شاه نشین پر تزیینی قرار داشت که محل جلوس پادشاهان قاجار بود. در سال 1351 نخستین کتابخانه عمومی شهر توسط آیت الله حائری در این شاه نشین تاسیس شد. در سال 1370 آیت الله بروجردی در کمرگاه ایوان غربی یک طبقه دوم ایجاد کرد که به مخزن کتابخانه اختصاص داده شد و دو سالن بزرگ قرائت خانه به جای مطبخ خانه شاهی احداث گشت. (الف-1)