خانه شیخ الاسلام دارای حیاط بسیار بزرگی است که فضاهای اصلی در شمال و جنوب آن ساخته شده اند. این حیاط غالبا محل برگزاری مراسم مذهبی بوده و محوطه سازی آن با سایر خانه های اصفهان متفاوت می باشد. به این ترتیب که یک حوض نسبتا کوچک مقابل ایوان شمالی و دو باغچه به شکل هشت ضلعی در دو سوی آن قرار دارد.
مهم ترین فضای خانه، ایوان وسیع ستون داری است که در میانه ضلع جنوبی حیاط قرار گرفته است. این ایوان و دو گوشوار آن مرتفع ترین بخش خانه می باشند و وجود سقف شیبداری بر فراز ایوان، این ارتفاع را افزایش می دهد. سبک خاص معماری این بخش باعث تمایز این خانه از سایر خانه های هم دوره خود شده. دهانه وسیع ایوان، فضای آن را به ادامه فضای باز حیاط مبدل ساخته و وجود حوض و فواره در فضای ایوان بر این استمرار تاکید می کند. در انتهای ایوان، شاه نشین بزرگی قرار دارد که از پشت به فضای دیگری مرتبط است. همچنین دو اتاق در طرفین شاه نشین واقعند که از یک سو به ایوان و از سوی دیگر به شاه نشین مرتبط می باشند. این اتاق ها دارای شکل، اندازه و پوشش های متفاوتی هستند. تزئینات متنوع گچبری، آینه کاری و مقرنس در فضای ایوان و شاه نشین آن بر اهمیت این بخش خانه تاکید می کند.